非公開会社における機関設計

平成１８年の会社法の制定で自由な機関設計ができるようになったと聞いた。当社は株式の譲渡制限をしている「非公開会社」であるが、当社の場合どのような機関設計が妥当か、お勧めを教えてほしい。また、必要な商業登記手続もあわせて依頼したい。